上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于神智到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉安摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该尼奥选择去救崔尼蒂而不是Zion，这里面其实是一个非常典型的美国式价值观，我不管全人类或者是全国，如果一个人连自己的love和love的能力都不能保护，他是无法去保护国家or世界这么大的命题的。